乘船地点主要集中在枯叶市的码头。抵达枯叶市后，往南走到海边就能看到码头，这里停靠着海烈焰马号和破浪号。拿到船票后，直接和码头的工作人员对话就能登船，船票通常通过主线剧情或特殊活动获取，比如在完成正辉的皮皮事件后，他会送你一张前往一之岛的船票。
开启七岛航线，需要先在三周目将图鉴升级为386版，之后前往火焰山的山洞拿到红宝石并交给博士。修好机器后，就能获得彩虹通行证，自由往返关都和七岛。七岛的船票获取方式比较隐蔽，记得多和岛上的NPC对话，他们可能会提供关键线索。
乘船过程中别只顾着看风景，船上有不少训练师可以挑战，还能捡到隐藏道具。比如圣安奴号的船长室里有居合斩秘传技能，这是砍树必备的。船上有些房间能恢复精灵状态，遇到难缠的对手可以先回血再打。
想去肚脐岩抓神兽的话，必须拿到神秘船票。这张票是官方活动限时发放的，通过礼物系统领取后，就能坐船前往特殊地点。肚脐岩的入口在山洞深处，推石头解谜是常规操作，建议提前带好会怪力的精灵。
部分岛屿的剧情需要特定技能才能推进，比如冲浪或攀瀑，提前做好准备能省去来回跑的麻烦。船班不会等待迟到的人，错过就得重新读档啦。
